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第三届BIC生物信息竞赛举行

发布日期:2017-02-28 发表者: 浏览次数:

(通讯员|张昶)2月25日上午,第三届BIC生物信息竞赛在逸夫楼C座314会议室举行。我校生物信息、生物科学等专业共有7组选手参加了本次竞赛,博中bz会员登录院长张红雨教授,生物信息系主任李国亮教授,马彬广、孔德信教授,方亚平、郑金水、杜小勇、杜利凯副教授等老师担任本次竞赛的评委。

竞赛共分为3赛道:第一赛道为生物信息算法与软件的设计和优化;第二赛道为组学数据的挖掘与统计分析;第三赛道为生物系统的建模与模拟。7组选手中有三组第一赛道,两组第二赛道,两组第三赛道。

来自生信1401班的汤晨、徐垚和孙冬青带来的是“化学信息的降维可视化以及相关网络服务的开发”,据汤晨介绍,该项目通过降维等方法实现网页的制作,通过降维将高维空间中的数据点映射到低维度的空间中,使用高斯概率分布等方法进行分析,通过SNE算法进行改进。此方法可以实现去除高维数据噪音、进行可视化处理等,最后形成热点图,具有较强的可视化。这项作品形成的网页增加的搜索化学物质的功能,从而方便同学们对化学物质的学习与了解。

对于目前仍处于广谱治疗或但单基因治疗使药物效率差的黑色素瘤治疗方法,“基于系统药理学的抗黑色素瘤精准医疗方法”小组生信1402班管玮、许璇、霍悦三人找到了精确医疗这个切入口,通过基因依赖网络寻找黑色素瘤基因之间的依赖关系,结合基因表达数据,通过基因排序算法挖掘关键基因。在数据收集后对数据进行处理和计算,运用MATLAB数学软件,进而构建基因依赖网络、计算基因差异表达值、计算关键基因列表、药物药效评估、药物有效率预测、最后进行置换检验。通过置换检验从而证明了该方法的严谨性和有效性。

第三赛道的形式颇为多样化,可以分为生物网络分析、生物过程的建模与模拟和基因回路设计,参赛者集思广益,有先进的想法和设计。来自生信1402班的队长向宇嘉提出通过贝叶斯网络实现基因与形状之间的关系。而第二组刘恩冬则是通过对题目的思索发散自己的思维,他提出希望使用人脑与大脑的联系,进而构建网络。

最终第一赛道“化学信息的降维可视化以及相关网络服务的开发”获得第一名;第二赛道“基于系统药理学的抗黑色素瘤精准医疗方法”获得第一名;第三赛道“基于贝叶斯网络的基因间调控关系挖掘”获得第三名。最后评委老师为选手现场颁发了各个赛道的一等奖、二等奖、三等奖证书及奖品。